Sumber : bacteriapictures.net
Riset tentang komunitas mikroba yang terdapat di dalam saluran pencernaan hewan dan manusia menjadi sangat menarik, karena sejalan dengan waktu fakta-fakta baru bermunculan. Sebelumnya, metode pengkulturan jasad renik pada cawan agar berisikan media umum atau media selektif menjadi andalan untuk melakukan isolasi dan identifikasi penguni saluran pencernaan manusia.
Untuk mengetahuinya, beberapa gram feces dikoleksi dan dituangkan/disebarkan (pour plate atau spread plate) melalui beberapa rangkaian tingkat pengenceran. Koloni yang tumbuh kemudian dihitung dan diisolasi yang selanjutnya dikarakterisasi. Teknik menumbuhkan mikroba pada cawan petri atau culture-dependent technique ini selanjutnya digunakan secara rutin dalam analisis mikrobiota feces.
Sejalan dengan waktu, dijumpai fakta bahwa ternyata tidak semua bakteri di dalam feces manusia mampu tumbuh di media yang selama ini digunakan oleh para peneliti. Langendjik dkk mengindikasikan bahwa hanya sebagian kecil saja bakteri feces yang dapat dikultivasi, yaitu sekitar 20-40%. Angka tersebut didapat dengan cara membandingkan jumlah koloni yang tumbuh pada media dengan jumlah total sel yang diamatinya di bawah mikroskop. Fakta tentang ini selanjutnya menjadi sangat penting, karena kesimpulan-kesimpulan selama ini tentang penelitian mikrobiota usus hanya melingkupi ruang sebatas mikroba yang dapat dikultur saja.
Selain itu, penggunaan media selektif yang selama ini digunakan dalam identifikasi mikrobiota tertentu mempunyai beberapa kekurangan sepertihalnya media selektif ternyata tidak benar-benar selektif atau bahkan sebaliknya yaitu sangat selektif terhadap mikrobiota yang menjadi targetnya. Resikonya adalah populasi mikroba dalam suatu sampel dapat diestimasikan terlalu tinggi atau terlalu rendah dibandingkan kondisi sebenarnya.
Teknik molekuler saat ini mulai marak diterapkan untuk menutupi kekurangan teknik kultur tersebut seperti FISH, T-RFLP, DGGE, realtime PCR dan lain sebagainya. Saat ini teknik-teknik tersebut banyak digunakan untuk menguji hipotesis suatu hal berkaitan dengan komunitas mikrobiota dalam suatu sampel yang sangat kompleks.
