Senin, 13 Februari 2012

Mikrobiota Yang Belum Dikenali di Feces Manusia

 
Istilah clone library, mungkin dapat disederhanakan sebagai  kumpulan informasi genetik yang berhubungan dengan organisme tertentu. Secara singkat, analisis clone libraries 16S rDNA dimulai dengan ekstraksi DNA suatu sampel dan diamplifikasi menggunakan sepasang primer (dapat universal atau spesifik terhadap grup tertentu). 

Hasil amplifikasi PCR kemudian ditransformasikan ke suatu plasmid (biasanya digunakan E. coli) dan dilanjutkan dengan kultivasi.  Koloni yang tumbuh dan  membawa potongan sekuen 16S rDNA ini kemudian disekuensing untuk diidentifikasikan dan dikelompokkan berdasarkan kekerabatannya dengan bakteri referensi yang informasi genetiknya dapat diketahui dari genbank (database). Singkatnya, cara ini menunjang sekali untuk mengetahui jenis mikrobiota yang terdapat di suatu sampel berdasarkan sekuen DNA, khususnya bakteri yang sulit/belum dapat dikultivasi.
 
Hayashi dkk berhasil mengindikasikan bahwa pada saluran pencernaan manusia ternyata banyak sekali dijumpai bakteri yang belum dikenali sampai saat ini. Dari 744 klon yang berhasil diisolasi dari feces tiga subyek pria sehat (usia 27, 28 dan 57 tahun), diketahui bahwa hanya sekitar 25% saja yang teridentifikasi secara jelas melalui database. 

Secara umum kelompok bakteri yang terdapat pada feces orang sehat meliputi Bacteroides group, Streptococcus group, Bifidobacterium group, and Clostridium cluster IV, IX, XIVa, and XVIII. Clostridium cluster XIVa diketahui sebagai kelompok bakteri yang dominan dalam komunitas ini.